Der Medizinalpflanzengarten war die erste Abteilung, die nach Gründung des Botanischen Gartens im Jahr 1945 fertig gestellt wurde. Im Winter 2004/05 konnte die beliebte Abteilung einer gründlichen Erneuerung unterzogen werden.
Die Rund 160 vorwiegend einheimischen Gift- und Heilpflanzen sind sehr übersichtlich nach folgenden Hauptinhaltsstoffen angeordnet.
Alkaloide: Mehrheitlich stark giftige Pflanzenbasen, in denen der Stickstoff meist in ringförmiger Bindung enthalten ist. Daher die alkalische Reaktion. Die meisten wirken auf das Nervensystem.
Ätherische Öle: Leicht flüchtige und stark riechende Stoffe unterschiedlicher chemischer Zusammensetzung. Sie werden in der Regel gut über die Haut und die Schleimhäute aufgenommen.
Bitterstoffe: Bitter schmeckende Substanzen. Eingenommen regen sie die Absonderung der Verdauungssäfte an.
Gerbstoffe: Verbindungen, welche die Oberfläche von Haut und Schleimhaut durch ihre zusammenziehende Wirkung verändern. Sie werden auch zum Gerben von Tierhäuten eingesetzt.
Glykoside: Verbindungen zwischen einem Zucker und einem nicht zuckerhaltigen Stoff. Viele Glykoside zeigen starke Wirkungen auf das Herz.-
Kieselsäure: Silikate, die in unterschiedlichen Mengen in allen Pflanzen vorkommen.
Schleimstoffe: Unterschiedliche Stoffe, die mit Wasser stark aufquellen. Eingenommen haben sie eine abführende und entzündungshemmende Wirkung.
Ein Blick in die St.Galler-Geschichte zeigt, dass viele Heilpflanzen seit rund 1200 Jahren speziell mit der frühen Gartenkultur des Klosters St. Gallen verbunden sind. So sind im Klosterplan aus dem Jahr 830 vier verschiedene Gärten eingetragen und gegen 50 Pflanzenarten erwähnt. Das berühmte Hortulus-Gedicht, das der Reichenauer-Abt Walahfrid Strabo um 845 dem St.Galler Abt Grimald schenkte, beschreibt 24 Heilpflanzen. Eine beachtliche Rolle spielte in St.Gallen auch der bekannte Arzt, Naturforscher und Philosoph Paracelsus, der hier im Jahr 1531 eines seiner bedeutendsten Werke, das „Opus Paramirum“, schrieb. Die meisten der Arten, die in diesen Werken vorkommen, sind im Heilpflanzengarten vorhanden. Mit speziellen Signaturen sind sie auf den Pflanzenschildern kenntlich gemacht.
Daneben informieren die Pflanzenschilder über die nutzbaren Pflanzenteile, ihre wichtigsten Inhaltstoffe und über deren Anwendung.
